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北京301医院先后被评为“国际模范爱婴医院”、“全国百佳医院”、“全国百姓放心医院”、“全国百姓放心示范医院”、“全军为部队服务先进医院”，荣获全国卫生系统“文化建设创新奖”、国家卫生部授予“医院改革创新奖”。
令狐恩强率先定名完善消化内镜隧道技术，模糊了消化内外科的界限，替代了一批传统外科手术；率先提出基于保持人体解剖结构不变条件下，达到祛除疾病目的的超级微创手术新概念，替代长期存在以切除器官为代价的手术模式，为未来手术方法学与器械研发指明了方向。
令狐恩强从事消化病及消化内镜研究、临床、教学及保健工作，紧贴临床一线进行技术与理论创新。他提出的疾病分类、分型，被多个学会采纳写入指南。他定名和完善的消化内镜隧道技术，打破了传统内科和外科的界限，将一些原本由外科手术治 疗的疾病转为内窥镜下，且创伤极小、术后恢复快、费用低、疗效显著；他在消化管道深部脏器损伤治 疗方面处于世界领 先水平。
令狐恩强为中国逆行胰胆管造影（ERCP）规范的出台做出了积极的贡献，为中国消化道早癌的内镜下技术的完善与普及做了大量工作，为中国的内镜下早癌切除跻身世界先进行列做出了积极的贡献。